Kajian menunjukkan bahawa emoji sering disalah erti. Ada kalanya, salah faham sebegini dikaitkan dengan tafsiran pemerhati terhadap reka bentuk emoji itu sendiri;[13] ada juga kalanya, emoji yang dikirim itu tidak sama rupa atau ragamnya di pihak penerima.

Isu pertama adalah berkenaan tafsiran terhadap emoji mengikut budaya atau konteks. Pengirim memilih emoji mengikut tafsiran tersendiri, tetapi emoji itu tidak akan ditafsir sedemikian oleh penerima.

Contohnya, penduduk China telah mencipta sistem penggunaan emoji secara subversif yang mana wajah senyum boleh menyampaikan air muka meluat atau mempersenda kerana orbicularis oculi (otot dekat atas sudut mata) tidak bergerak, sementara orbicularis oris (otot dekat mulut) menegang, dianggap sebagai menahan senyuman.

Masalah yang kedua berkenaan teknologi dan penjenamaan. Apabila pengirim memilih emoji dari dalam senarai, emoji itu biasanya dikodkan secara bukan grafik sewaktu pengiriman, dan jika pengirim dan penerima tidak menggunakan perisian atau sistem operasi yang sama untuk peranti-perantinya, maka peranti penerima mungkin akan memaparkan emoji yang sama dengan ragam yang berbeza. Rupa aksara yang sehalus mana pun boleh mengubah ertinya kepada penerima sama sekali.